Windows ME, Windows 9x'e yükseltmedir ve Windows 95 ve Windows 98 için yazılımların çoğu Windows ME ile çalışacaktır. Virüsten koruma programı veya Windows 9x için tasarlanmış başka bir yardımcı program gibi yazılımlar Windows ME'de çalışmaz (veya iyi çalışmaz) çünkü 'çoğunluk' diyoruz. Windows ME'de dosya yapısı ve yapılandırma dosyaları biraz değişti. Ancak, oyunlar, programlar ve diğer yazılımlar Windows ME'de çalışacaktır. Yazılım çalışmıyorsa, çalışmasına izin veren bir güncellemesi olmalıdır.